Самой распространенной окраской в гистологии является окраска гематоксилином и эозином. Гематоксилин окрашивает базофильные структуры в ткани (ядра клеток, ядрышки, рибосомы, РНК-богатые участки цитоплазмы), а эозин – эозинофильные структуры (цитоплазма, мембраны клеток, митохондрии и т.д.). Этот метод является обзорным и обеспечивает общую визуализацию структуры ткани.